ESPECIES
INDICADORAS
CAUSA.
OBJETIVO Y ACCIÓN.
La Selva Lacandona representa menos del 1% del territorio nacional y concentra más del 20% de la biodiversidad del país. Además, es el área de captación de agua más importante de la porción mexicana de la cuenca del Usumacinta. La Selva Lacandona es, también, el último refugio para muchas especies emblemáticas y en peligro de extinción como la guacamaya roja, el jaguar, el tapir y el jabalí de labios blancos.
Nuestro objetivo es conocer la condición en que se encuentran, tanto los ecosistemas como las poblaciones de especies indicadoras, terrestres y acuáticas, con la finalidad de evaluar y, en su caso ajustar, las acciones de conservación que se implementan, así como identificar amenazas para actuar de manera informada y temprana.
Natura y Ecosistemas Mexicanos realiza actividades de monitoreo sobre los cambios en la cobertura forestal y el estado de conservación de poblaciones de especies indicadores y en peligro de extinción. 
Mamíferos terrestres
Los mamíferos terrestres desempeñan funciones esenciales para mantener en equilibrio a los ecosistemas. Son un buen indicador del estado de conservación debido a la amplia variedad de requerimientos ecológicos de las especies que conforman este grupo. Además, son un grupo altamente impactado por las actividades del ser humano como la pérdida de hábitat y la cacería. 
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El monitoreo de mamíferos se realiza utilizando cámaras de fototrampeo en conjunto con grupos de monitores comunitarios y se monitorea la diversidad y abundancias de especies de mamíferos terrestres, así como el estado en el que se encuentran poblaciones de especies en peligro de extinción como son el jaguar (Panthera onca), el tapir (Tapirella bairdii), y el pecarí de labios blancos (Tayassu pecari).
LOGROS.
Los resultados obtenidos durante 10 años demuestran que:
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El hábitat de la Reserva de la Biosfera Montes Azules es de buena calidad y mantiene poblaciones de especies en peligro de extinción en buen estado de conservación como el jaguar, el tapir, el pecarí de labios blancos y el ocelote. 
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En Marqués de Comillas los fragmentos conservados por proyectos ecoturísticos y por el programa de Pago por Servicios Ambientales preservan conectividad con la Reserva de la Biosfera Montes Azules y una alta diversidad de especies de mamíferos terrestres. ​
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Se han identificado amenazas a las poblaciones de mamíferos, lo cual ha permitido elaborar recomendaciones para las autoridades ambientales y locales. 
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A través del programa de conservación y recuperación de la guacamaya roja, se ha logrado asegurar la integración a la población más de 180 pichones de guacamaya roja.
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Se ha logrado describir la dinámica poblacional de la guacamaya roja en el sur de la Selva Lacandona.
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A través del programa de monitoreo de Jabirú se ha logrado la descripción de la ocupación de la especie en la zona así como su biología reproductiva.
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Se han identificado algunos riesgos como la presencia de especies exóticas invasoras, así como la presencia de contaminantes que, aun cuando todavía no comprometen la salud humana ni la de los ecosistemas, es necesario continuar su monitoreo para observar su comportamiento y proponer acciones de control a tiempo en caso de que algún cambio llegara a presentarse.